Mari est une adolescente japonaise discrète et studieuse. Un jour Akko, une jeune fille très populaire de sa classe commence à l’approcher. Mari se laisse embarquer dans cette nouvelle amitié qui leur permet à toutes les deux de s’épanouir grâce à l’influence positive de l’autre. Les notes d’Akko progressent petit à petit pendant que Mari se sociabilise et se fait de nouvelles amies.
Jusqu’à la fin de l’année scolaire où son nouveau groupe d’amies doit choisir sa filière et risque d’éclater… Mari réalise alors qu’elle est terrifiée à l’idée de ne plus partager le quotidien de sa nouvelle meilleure amie. Elle se demande alors pourquoi un attachement si grand, n’est-ce que de l’amitié où y a-t-il d’autres sentiments ? Elle cherche alors des indices pour savoir si cet attachement est réciproque.
Le manga Girl Friends dépeint le quotidien d’adolescentes japonaises : les relations avec les camarades de classe, l’ouverture sur les autres et les relations entre élèves qui en découlent, l’orientation scolaire avec son lot d’interrogations et de stress qu’elle peut causer aux adolescents…